Hơn 100.000 dân thường Châu Âu và Nhật Bản bị quân Nhật chiếm đóng bắt giữ, cộng với 80.000 tù binh chiến tranh Đồng Minh bị đưa vào các trại tù binh, nơi tỷ lệ tử vong từ 13% đến 30%.[33] Quân Nhật được người Indonesia chào đón như những người đến giải phóng.[34] Ban đầu Nhật Bản tỏ ra không quan tâm đến các phong trào đòi độc lập của Indonesia, nhưng để phục vụ cho việc khai thác các tài nguyên, đặc biệt là dầu mỏ, cũng như thay thế bộ máy hành chính cũ của người Hà Lan, người Nhật đã ủng hộ các nhà lãnh đạo theo chủ nghĩa dân tộc của Indonesia như Sukarno và Mohammad Hatta.[35] Ngày 17 tháng 8 năm 1945, Sukarno tuyên bố Indonesia độc lập.[36]